Info COVID:
L'histoire du variant Marseille4 (pas) très dangereux

On va parler de la nouvelle fiction marseillaise, ce variant Marseille 4, annoncé en grande pompe par Didier Raoult et relayé comme un seul homme par @Nice_Matin et @laprovence. https://twitter.com/Nice_Matin/status/1355048363612381186

Avant de commencer, on peut quand même se demander comment les journalistes locaux continuent à relayer sans confronter les info toutes les affirmations et prédictions de Didier Raoult. Il s’est planté quasiment a 100% depuis le début de la crise,et en particulier sur les mutants

La publication est déposée sur le dropbox de l’IHU
On va essayer de comprendre sur la base des données de l’IHU, de ce papier, comment Didier Raoult a pu inventer l’histoire du variant Marseille 4 (pas) si préoccupant. Une fable du sud vous allez voir
https://www.mediterranee-infection.com/wp-content/uploads/2020/04/Ms_Marseille-4_IHU-MI_Jan2021vL.pdf

La raison de ce fil c'est la conclusion de l'article.
Le variant Marseille4 est prédominant, comme le variant britannique ou sud africain ou brésilien et pourrait présenter un échappement immunitaire et remettre en cause l'efficacité du vaccin. Faux.

Regardons la tournure de phrase de la conclusion. ils associent Marseille 4 a des variants connus pour leur échappement immunitaire potentiel sur la base de VRAIES expériences. Mareseille4 "qui serait localement " devenu prédominant et se serait étendu a toute l'Europe !? Faux.

A l’IHU, ils aiment donner des petits noms à leurs variants. Est-ce pour noyer le poisson, le public ne pourra pas s’y retrouver par rapport à la dénomination officielle des clades du GISAID, car en fait le variant Marseille 4 est juste un variant de la clade 20A.EU2

ils confirment la sources grâce aux données de GISAID.
Donc Marseille4 ne vient pas de Marseille, c'est variant de la clade 20A.EU2, et la cela sonne tout de suite moins sexy, comme indiqué dans la figure 1 on trouve ce variant un peu partout en Europe. Omission? Mensonge?

Comme le montre la figure 2 il est apparu au cours de l’été 2020, c’est diffusé comme pas mal d’autres mutants, et aujourd’hui alors que DR alarme la population il… tend à disparaitre !
en effet, la figure 2a « en noire » montre le nombre de génome Marseille 4 séquencé vs temps

moins de 200 par semaine au niveau mondial (cercle orange). ~20-25 cas en France ces dernières semaines. Si on considère qu’il peut y avoir des biais en fonction de la sélection des échantillons, mais les données étant mondiales cela implique plutôt une disparition prochaine.

même les données de l'IHU nous montrent que ce variant disparait et qu'on voit apparaitre le variant UK en rouge sur al graphe du bas.

Ils nous montrent un zoom du clade 10A.EU2 avec leurs variants Marseille 1, 2, 3, ....
Ils utilisent donc les outils développés par le GISAID, mais alors pourquoi ne pas utiliser la nomenclature internationale?? Marseille ca faut plus sexy? local? people?

On va utiliser NextStrain, système simple pour visualiser les données phylogénétiques et surtout les rentre accessible au public on voit dans le rectangle l’ensemble des génomes du clade 20A.EU2,

et si on zoom, on identifie mieux les petites variations et on peut même visualiser une partie des génomes séquencés a l’IHU (les petites cercles bleus).ca vous donne aussi une idée de la proportion de variant Marseille4 par rapport a l'ensemble des génomes uniquement de ce clade

Par la suite la publication essaye de démontrer que la variant conduits à des manifestations cliniques différentes que les variants circulant et prédominant en Europe : moins de toux et plus d’hypoxémie. Avec des tableaux de statistiques "a la Roult"

Prendre le test statistique qui permet de supporter ce que tu veux rapporter. Evidemment on ne connait pas les classes d’âge des deux groupes, aucune information sur l’homogénéité de 2 groupes (sexe, âge, comorbidités, etc.) imaginez les biais. un tableau qui veut rien dire.

Dans les documents supplémentaires, ils donnent une liste de mutations typiques de ce variant Marseille 4, de très nombreuses sont des mutations ne modifiant pas la structure des protéines virales, elles sont dites silencieuses (Syn, rectangle orange).

Dans le cadre bleu une mutation changeant l’acide amine, S477N, une serine devient une asparagine.
Seul deux mutations sont dans la protéine Spike D614G (tronc central), et S477N, dans le RBD mais dont l’implication dans la liaison ACE2 est peu importante.

Parmi les ~1800 patients détectés par l’IHU a Marseille infectés par le variant Marseille4, 0.6% (11/1848) des patients présentaient une réinfection par le variant Marseille 4. La encore, on n’a pas l’âge de ces patients, ni s’ils avaient été traites avec la potion HCQ/AZ

par ailleurs on ne sait pas non plus s'ils avaient développé une immunité suite a la première infection. Bref une info dont on ne peut rien faire, sans corrélation ni causalité.

Sur la figure 4 ils indiquent plein de mutations présentes chez l’homme ou le furet, la seule celle en vert est présente dans le variant Marseille4. La encore un hypothèse de saut d'espèce sans données. ils brodent.

On rappellera les variants qui inquiètent: le variant anglais (UK) aussi appelé 20I/501Y.V1, le sud-africain (SA) 20H/501Y.V2 et le brésilien est connu sous la désignation 20J/501Y.V3L ont tous N501Y/T, pour SA et Brésil: E484K. + autres mutations absentes de Marseille4

Pour conclure, les journalistes auraient pu faire ce travail de vérification des informations rapportées, et ne pas uniquement rapporter les paroles de Didier Raoult sans les confronter aux faits, et même aux données publiées par l’IHU.

Le variant est sur le déclin, donc comment pourrait-il représenter un danger, alors qu’il ne présente pas les mutations identifiées comme étant potentiellement dangereuse pour l’échappement immunitaire et l’affinité a ACE2 ?

un public bien informé est à même de devenir acteur des solutions pour sortir de cette crise par le haut. En relayant sans vérification ou esprit de contradiction toutes les sorties publiques de Didier Raoult les journalistes participent à tromper la population.

Et pour conclure, comme mos impôts financent l'IHU qui ne semble s'intéresser qu'a Marseille, Regardez comment les données séquencées par l'IHU sont annotées pour contribuer au GISAID. pas d'info patient. Manque de consentement? Haut de France ou Auvergne, sexe et âge.