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1/ HILO sobre tests
Hace unos días @figueiramarie por privado me hizo una pregunta sobre los tests de covid, Me pareció una buena idea compartir algunas cosas que quizás no todo el mundo sepa.
Hace unos días @figueiramarie por privado me hizo una pregunta sobre los tests de covid, Me pareció una buena idea compartir algunas cosas que quizás no todo el mundo sepa.
2/ PREFACIO 1: No podemos hablar de tests sin mencionar el LABURAZO que hicieron @fromthewest86 y @MissLadrillos allá por marzo alertando sobre las demoras e insuficiencias en las compras de insumos para testeos. Todo el respeto. https://twitter.com/fromthewest86/status/1243406257207177216
3/ PREFACIO 2: Casi todo lo que voy a decir acá lo aprendi leyendo el TL de Michael Mina, un epidemiólogo que Harvard que (usando la expresión de @plenque ) viene TRANSPIRANDO LA CAMISETA a lo loco evangelizando sobre cómo usar los tests. Lean su TL.
https://twitter.com/michaelmina_lab
https://twitter.com/michaelmina_lab
4/ Bueno ahora sí. Primero, hablemos del PCR. El "hisopado" considerado gold standard es un test de Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR de ahora en más) con retrotranscriptasa. Qué significa esto?
5/ La PCR es un método para detectar la presencia de una secuencia específica de ADN. El SARS-CoV2 es un virus de ARN. Se usa una enzima llamada retrotranscriptasa o transcriptasa inversa para convertir el ARN en ADN y luego se "corre" el PCR para ver si está la secuencia.
6/ La PCR es una secuencia de pasos enzimáticos a diferentes temperaturas que pueden leer acá si les interesa. El resultado es que al final de cada ciclo, la cantidad de secuencia de ADN que se estaba buscando se duplica.
https://en.wikipedia.org/wiki/Polymerase_chain_reaction#Procedure
https://en.wikipedia.org/wiki/Polymerase_chain_reaction#Procedure
7/ Al final de 20-40 ciclos se aplica un componente que genere una señal medible (en general, fluorescencia) y si el resultado final se expandió en cantidad suficiente y hay fluorescencia, el resultado es positivo, si no, negativo.
8/ La PCR es un método semicuantitativo de detección. Da positivo o negativo pero no cuantifica exactamente cuánta cantidad de ácido nucleico había cuando empezaste. Es un test de altísima sensibilidad y especificidad, pero tiene un problema que dificulta su interpretación: Ct
9/ El Ct es el número de ciclos necesarios para que la muestra dé positivo. Después de cada ciclo de PCR, se duplica la cantidad de ácido nucleico que había. Después de 30 ciclos, la cantidad inicial se multiplica por 1.000.000.000.
https://www.wvdl.wisc.edu/wp-content/uploads/2013/01/WVDL.Info_.PCR_Ct_Values1.pdf
https://www.wvdl.wisc.edu/wp-content/uploads/2013/01/WVDL.Info_.PCR_Ct_Values1.pdf
10/ Por PCR pueden detectarse cantidades ínfimas de ácido nucleico que no necesariamente son clínicamente significativas. El número de ciclos (Ct) necesario para que una muestra sea positiva es muy importante de conocer pero muy difícil de interpretar.
11/ Por ejemplo. si una muestra se hace positiva luego de 3 ciclos, entonces la concentración viral inicial era muy alta. Si en cambio se necesitan 40 ciclos para que la muestra sea positiva, la concentración inicial era muy baja, probablemente no infecciosa.
12/ El problema es que los Ct no siempre se informan, y aunque se informaran no hay consenso sobre cuál es el límite entre un valor "alto" y uno "bajo".
Entonces, la PCR es una excelente herramienta clínica pero tiene limitaciones.
https://www.wvdl.wisc.edu/wp-content/uploads/2013/01/WVDL.Info_.PCR_Ct_Values1.pdf
Entonces, la PCR es una excelente herramienta clínica pero tiene limitaciones.
https://www.wvdl.wisc.edu/wp-content/uploads/2013/01/WVDL.Info_.PCR_Ct_Values1.pdf
13/ Miren este gráfico de @mugecevik El período infeccioso de COVID19 va entre 2 días antes del inicio de síntomas hasta más o menos el día 9-10 post síntomas. Pero la PCR de muestra nasofaríngea puede seguir positiva por hasta 17 a 83 días más.
14/ Y esto es lo que el Dr Mina señala como una limitación importante: La PCR es una excelente herramienta clínica, para tomar decisiones clínicas ante pacientes individuales, pero es una mala herramienta de salud pública para discriminar infecciosos de no infecciosos.
15/ ejemplo: una persona tiene síntomas, espera dos o tres días a ver si se le pasa, va al médico, le dan la orden para PCR, se hace el test en el día o al día siguiente, los resultados tardan 4-5 días más (muchas veces más). Para cuando llega el resultado pasaron 8 días,...
16/ ... casi el fin del período infeccioso. Es bueno conocer el resultado para el paciente, pero no ayudó al paciente a tomar decisiones sobre sus exposiciones. Para cuando llegó, él ya infectó a todos los que iba a haber infectado.
17/ Para los contactos asintomáticos es peor todavía. un caso positivo sin síntomas puede ser exposiciones previas. Y testear varias veces en serie es logísticamente muy difícil. Además diferentes laboratorios usan diferentes Ct así que no siempre los tests son comparables.
18/ Entonces tenemos los tests antigénicos rápidos. Estos no son PCR sino que detectan cualitativamente la presencia de proteínas virales por medio de una reacción inmune. Los resultados se obtienen en horas https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/resources/antigen-tests-guidelines.html
19/ En USA se aprobaron unos que usan muestras nasales, pero existen otros que usan muestras de saliva. Se sacrifica sensibilidad (no detectan TODOS los casos). Pero los resultados positivos son confiables
https://medical.mit.edu/covid-19-updates/2020/06/how-does-covid-19-antigen-test-work
https://medical.mit.edu/covid-19-updates/2020/06/how-does-covid-19-antigen-test-work
20/ Estos tests tienen enorme potencial para frenar la pandemia, si escuchamos al Dr Mina, pero lamentablemente no se han usado bien. Se han usado como otra herramienta clínica, y como tal son peores que el PCR https://time.com/5912705/covid-19-stop-spread-christmas/?utm_source=twitter&utm_medium=social&utm_campaign=editorial&utm_term=ideas_covid-19&linkId=104733190
21/En mi hospital tuvimos tests rápidos en abril-mayo. La regla era que a todo paciente que se iba a internar se le hacía test antigénico. Si además había sospecha de COVID además se le hacía PCR. El resultado del antigénico llegaba cuando el paciente todavía estaba en la guardia
22/ Si el antigénico daba positivo, iba a cama aislada, si negativo a normal. El tema era que muchas veces unos días después del antigénico negativo venía el PCR positivo, y era un desastre (las camas "normales" estaban aisladas pero con menos restricciones). Al final se decidió
23/ abandonar los tests rápidos y usar PCR. Esperando el resultado, todos son tratados como positivos.
Esto marca las limitaciones de los tests antigénicos como herramientas para tomar decisiones clínicas.
Esto marca las limitaciones de los tests antigénicos como herramientas para tomar decisiones clínicas.
24/ Donde sí pueden cambiar la cosa es en los contactos asintomáticos. Estos tests tienen muy pocos falsos positivos, y los falsos negativos bajan cuantas más veces se haga el test en forma secuencial. Qué sugiere Michael Mina?
25/ Que tengamos tests antigénicos rápidos ene l hogar, comprados en farmacia tipo un evatest. la tecnología existe (ébola) y es baratísima. no se hace por falta de decisión. https://liverpoolexpress.co.uk/blog-the-united-states-should-look-to-liverpool-as-a-model-for-frequent-rapid-covid-testing/
26/ La idea es que todos nos testeemos varias veces por semana según nuestro riesgo. Así se detecta la "infecciosidad" antes de que haya síntomas y la persona puede aislarse y contactar a sus contactos de los días anteriores.
27/ Imagínense una cena de navidad donde TODOS se testearon antes de verse. Después se testean de vuelta al día siguiente y al siguiente. Ir a un lugar donde sabemos que todos testearon negativo es de bajo riesgo. Si alguien testea positivo al día siguiente sabés...
28/ dónde se contagiaron y podés aiislar al caso índice y a los contactos. Los contactos se pueden testar todos los días por unos días también. Saber el status permite tomar decisiones.
29/ La PCR es una excelente herramienta clínica porque permite tomar decisiones sobre pronóstico y tratamiento con bastante precisión. Los tests antigénicos rápidos tienen potencial de ser una excelente herramienta de salud pública porque permiten detectar casos INFECCIOSOS con
30/ muy buena precisión. Nada es mejor ni peor que lo otro, tienen objetivos y utilidad distintas.
La manera de aprovechar los PCR es minimizando los cuellos de botella entre muestreo y resultados.
La manera de aprovechar los PCR es minimizando los cuellos de botella entre muestreo y resultados.
31/ y la mejor manera de aprovechar los tests antigénicos es dárselos a la gente para que los use en la casa sin necesidad de ir al médico.
