1/n Court thread sur la récente propagation d'une variante du SARS-CoV-2 en UK. Origine? Diffusion? Risques?

2/n Une variante d'un virus apparaît lorsque un nombre suffisant de mutations s'accumulent faisant diverger une proportion significative de spécimens du virus de la souche initiale.

3/n Le phénomène fait appel au concept de pression de sélection: un virus qui circule facilement et sans pression de sélection dans une population n'a pas de raison donc peu de risques de donner naissance à une variante qui persiste et se propage dans cette population.

4/n Ici, il s'agit d'un variant B.1.1.7 qui a été détecté à partir du mois de septembre à Londres et dans le Kent, comté adjacent à Londres.

5/n D'une part, la maxime "quand on cherche on trouve" demeure vraie aussi pour la détection de variants. Ce variant a été repéré aussi dans d'autres pays, d'après le ECDC (Danemark, Australie). En France on cherche peu, et on communique encore moins. https://www.liberation.fr/sciences/2020/12/16/epidemiologie-de-terrain-sequencage-du-virus-les-manques-de-la-recherche-francaise-face-au-covid-19_1808828

6/n Comme précisé dans cet intéressant thread, ce n'est pas que le virus mute activement, mais c'est plutôt que les mutants sont sélectionnés dans l'hôte en fonction de la pression de sélection exercée par des conditions environnementls propres à cet hôte. https://twitter.com/sci_questions/status/1340497574889988096

7/n En l'occurrence, les mutations présentes sur le variant B.1.1.7 ne sont pas survenues de manière très accélérée par rapport à la vitesse habituelle d'accumulation de mutations, de l'ordre de 2 par mois. Elles ont seulement donné naissance à un variant plus "divergent".

8/n Le type de mutations observées dans ce variant orientent vers son origine dans une population subissant une pression de sélection importante, tels les immunodéprimés.

9/n Ceux-ci présentent plusieurs caractéristiques qui favorisent l'émergence et la persistance de ces mutations: 1- moindre sélection des pops virales par l'immunité naturelle 2- traitements répétés (sérum de convalescents et remdesivir p exp) 3- + large population virale

10/n Les traitements exercent donc une pression de sélection accrue sur des populations virales nombreuses et persistantes chez les immunodéprimés https://virological.org/t/preliminary-genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-the-uk-defined-by-a-novel-set-of-spike-mutations/563

11/n Les risques sont difficiles à évaluer car les différentes mutations repérées ont été associées soit à une meilleure capacité du virus à pénétrer dans les cellules, facteur de plus grande contagiosité, soit à des formes moins virulentes.

12/n La mutation sur la protéine ORF8 pourrait, au contraire, rendre le virus plus bénin en réduisant sa capacité de réplication .

13/n A une échelle épidémiologique, le variant dont une bonne partie des mutations sont retrouvées dans 6% des échantillons séquencés en UK pourrait, sans certitude, accélérer la transmission, sans aggraver la sévérité des cas. https://www.gisaid.org/references/gisaid-in-the-news/uk-reports-new-variant-termed-vui-20201201/

14/n Comme on a pu le remarquer, les variations dans l'incidence des cas sont fréquentes et dépendent d'une multiplicité de facteurs, d'où la difficulté à tirer des conclusions de simples observations sur une augmentation de l'incidence.

15/n Même si l'ECDC montre qu'il existe une augmentation de la part de ce variant parmi les échantillons séquencés. Variant nommé SARS-CoV-2 VUI 202012/01 (Variant Under Investigation, year 2020, month 12, variant 01)

16/n Quelles conséquences sur l'efficacité du vaccin? Sur ses risques?
Si on lit entre les lignes, les vaccins dont toute l'efficacité est basée sur l'adéquation entre les protéines du Spike telles que présentes ou synthétisées par le biais du vaccin et celles du Spike des virus>

17/n >circulants pourrait être affectée par la montée en puissance de ce variant. https://www.franceinter.fr/plus-contagieuse-plus-dangereuse-ce-que-l-on-sait-de-la-variante-britannique-du-sars-cov-2

18/n D'autant que les techniques utilisées pour les vaccins mettant un gros coup de projecteur sur les protéines su Spike, cela combiné à la pression de sélection exercée par la vaccination de masse risque d'accélérer fortement la propagation de variants.

19/n L'effet serait de rendre les vaccinations moins utiles voire totalement inutiles au fur et à mesure de la propagation du ou des variants et de générer une évolution imprévisible des populations virales.

20/n Voilà un risque qui a été peu discuté et pris en compte et qui n'est pas réductible à l'approche étroite qui consiste à ne s'intéresser que aux effets indésirables à court terme des vaccins.

21/n Il est aussi probable que l'approche consistant à vouloir arrêter le variant à la frontière soit bien illusoire, car depuis septembre le variant a pu déjà bien circuler partout en Europe.

22/n Un enseignement pratique de cet épisode est la nécessité d'isoler les personnes immunodéprimées sous traitement tant qu'elles sont porteuses de virus viables.