Petit thread technique sur #SarsCoV2 et tests update au 8/09/2020. C’est assez technique et je vais essayer de vulgariser au maximum #COVIDー19
Cet update concerne essentiellement les tests antigeniques dont @olivierveran a parlé ce matin

En gros pour trouver du #SARS_CoV_2 il y a deux possibilités c’est comme à la chasse. Soit vous chercher le virus

Soit vous cherchez ses traces. Dans ce second cas ce sont les tests sérologiques. Ils prouvent que le virus est passé pas qu’il est encore là.

Parmi donc les tests directs vous avez 3 grandes catégories :
- rtPCR
- biologie moléculaire à amplification isotherme
- tests anti géniques

Commençons par la rtPCR. Vous en avez tous entendu parlé mais en gros soit on peut la faire en série soit un par un.
C’est la même chose que pour le café

Dans un cas vous pourrez en faire beaucoup à beaucoup de monde. Dans l’autre moins et chacun son tour pour simplifier.

En soit le café ou la pcr ici est de qualité équivalente c’est juste une question de nombre. J’ai déjà fait un thread plus détaillé sur le sujet

La biologie moléculaire isotherme se rapproche de la rtPCR unitaire dans ses spécifications. Elle a un énorme avantage c’est être beaucoup plus rapide et un inconvénient être un peu moins sensible

Toutefois ces tests isothermes sont pour moi l’avenir en dépistage dans des clusters ou aux urgences ou pour monter un labo mobile.

22000 de ces machines abbott sont disponibles aux usa depuis des années mais uniquement 130 en France (j’ai la chance d’en avoir 4 de ces 130 chez moi)

Bon pour rire un peu sur ces 22000 machines une est à la Maison Blanche avec laquelle @realDonaldTrump se teste apparemment quotidiennement et teste tout ceux qui s’approchent de lui

Ce qui est drôle c’est qu’il ne sait pas du tout s’en servir. Pour ces tests il faut un minimum de formation. Il met la machine à l’envers sur la video.

Bref voici pour la biologie moleculaire. On fait actuellement 1 000 000 de rtPCR hebdomadairement et bientôt pas mal d’isotherme

Toutefois comme je le disais hier c’est un puit sans fond. Pour faire face à la demande on pourrait faire 4 ou 5 000 000 de tests.
Que faire ?

Et bien peut être dégrader un peu la sensibilité avec les test antigeniques. Un test antigenique est un test qui ne cherche plus le génome du virus mais celui ci directement ou plutôt un morceau de protéine : un antigène

Ces tests antigeniques on peut les faire avec de gros volumes dans les laboratoires sur de grosses machines ou en test unitaire.
La sensibilité des tests unitaires est encore plus faible que celle des automates.
En gros c’est ça : https://twitter.com/roche/status/1300882189710548993

Ou ça https://www.abbott.com/corpnewsroom/product-and-innovation/upping-the-ante-on-COVID-19-antigen-testing.html

Ces tests ont une sensibilité plus faible par rapport à la rtPCR. Au maximum 90% sur patient symptomatique entre j0 et j6. La pcr c’est forcément 100% (gold standard) et moins après j6.

On a donc globalement un test qui en gros sur population générale (sympto et asympto) va pouvoir détecter 80 % des gens.

Ce qui veut dire d’un côté que sur nos 10000 positifs quotidien 2000 seraient ratés.
Qu’en penser ?

1 les laboratoires sont débordés. Complètement. Personnel en burn out. Patient agressif. Un patient à force en voiture le drive du labo pour vous dire.
Donc entre 80% des gens dépistés à j0 et 100% à j7 ça peut valoir le coup.
Tout d’abord on sait que plus vite on dépiste

Plus vite on isole.
On sait aussi qu’après j7 les gens ne sont plus contagieux et qu’après tout pour stopper l’épidémie ça se défend.

Par contre ces tests ne doivent pas être utilisés à l’hôpital a fortiori en réa. Ici on sait que la charge virale est bcp plus faible. Le patient a eu le temps de se dégrader.

Pour résumé imaginer deux filets de peche. Un grand filet mais à grosse maille et un plus petit à petite maille. Le grand filet a grosse maille attrapera autant si ce n’est plus de poisson que le petit a petite maille.
D’un point de vue santé publique ça peut se defendre...

Par contre le gros et grand filet laissera passer des patients. Doit on l’accepter faute de mieux j’aurais tendance à répondre oui mais c’est aux spécialistes de santé publique de répondre !